A FENAJORE teve seu estatuto aprovado em 19 de outubro de 2009, assinado pelo então presidente Paulo Cruz Pimentel. O registro sindical foi publicado em 2011, ano em que o primeiro site da Federação entrou no ar.

A partir de 2013, o empresário André Jungblut assumiu a presidência da Federação, quando passou a liderar os trabalhos para estruturação das atividades e ampliação da Federação, agregando novos sindicatos.

A FENAJORE passou a atuar de acordo com seu estatuto, realizando ações em defesa do setor e desenvolvendo em parceira com a Associação Nacional de Jornais diversos cursos e webinários para qualificação de profissionais do setor. A Federação também efetivou seu monitoramento e participação nas discussões de temas de interesse do setor. Informativos e documentos analíticos são distribuídos periodicamente, mantendo sua base de sindicatos, e respectivas empresas, informada e alinhada sobre os temas trabalhistas e tributários de maior interesse.

Em abril de 2015, o setor de Comunicação Social, formado pela FENAJORE, FENAERT e FENAPRO, conseguiu o registro sindical da Confederação Nacional de Comunicação Social (CNCS), o que significou um reforço nas possibilidades de representação institucional do setor.

Em janeiro de 2018, o presidente do SINDIJORE-SP e executivo da Folha de São Paulo, Reginaldo Araújo, assumiu a presidência da entidade com o desafio de reforçar a atuação da instituição em prol das empresas, em meio a um ambiente de grandes transformações tecnológicas.